1、首领：乌丸莲耶
黑衣组织的首领隐藏了二十多年，终于现身了，虽然只是一个名字和一个阴影，连长相都没暴露，不过也算给等了这么多年的漫迷们一个交代。此前什么阿笠博士、工藤优作甚至毛利小五郎是幕后boss的传言总算是可以打消了。乌丸莲耶是一位富豪，黄昏别馆的主人，在五十年前神秘离世，实际上是转入地下筹划着什么，具体内容暂时无从知晓，做事非常谨慎，十分忌惮赤井秀一，称他为“银色子弹”。
2、 朗姆
朗姆至今还未现身（比boss还要神秘，难道又有反转？），是黑衣组织的二号人物，地位还在琴酒之上，性别和外貌不详。对于他的长相有很多传言，例如大块头的男子，像女人一样的男人（不就是人妖…），或者上了年纪的老人等，不过传言的共同点是朗姆的一只眼睛受了伤，是装的义眼（具体是哪只眼不明）。目前被怀疑是朗姆的人有警官大和敢助和黑田兵卫（独眼，身体强壮），资产家阿曼达·修斯的保镖浅香（羽田浩司一案留下的死亡讯息）、小学老师若狭留美（女性，其中一只眼睛疑似义眼）、寿司店厨师胁田兼则（左眼带着眼罩，喜欢推理）等。
3、 琴酒
黑衣组织中的中坚人物，平时黑衣组织的各项工作都是由他负责，是最常露面的组织成员，深受首领乌丸莲耶器重。不过其实也是最苦逼的人物，上头的大佬死活不露面，下面的小弟不是卧底就是废物，琴酒心里苦啊。每次露面都身穿黑色风衣，是工藤新一变成柯南的罪魁祸首（某种意义上来说也算救了柯南一命），性格冷酷残忍，是柯南面对的主要敌人。在目前与柯南的几次交锋中都占尽上风，从表现上来看能力不比柯南差，可惜柯南君主角光环护体，所以他的计划每次都会因为意外而失败（疑似与宫野志保，也就是灰原哀关系密切）。
4、 贝尔摩多（苦艾酒）
贝尔摩多是黑衣组织的重要成员，虽然在组织中的地位不如琴酒，但是因为乌丸莲耶格外欣赏她，所以很多时候并不怎么在意琴酒的命令，琴酒对她也是睁一只眼闭一只眼。真实身份是美国女明星莎朗·温亚德，因为不明原因恢复年轻或者停止衰老（难道是因为aptx4869？）。和工藤新一的母亲工藤有希子是好朋友，和首领乌丸莲耶不同，她认为赤井秀一并不能真正的摧毁组织，柯南（也就是工藤新一）才是真正的银色子弹，虽然没有脱离黑衣组织，不过已经反叛。
5、 伏特加
虽然说伏特加名义上是黑衣组织的重要成员，也是琴酒的搭档，但是目前来看其实只是个脑子不太好使的肌肉男（印象中好像被小兰打过？？是部长记错了吗？？），完全服从琴酒的命令，总是跟着琴酒一起行动，十分尊重琴酒，称他为“大哥”，看起来更像一个打杂做苦力活的。
6、 基安蒂&科恩
基安蒂和科恩是一对搭档，是黑衣组织的狙击手，有效射程大概在600码左右，实力强劲（可惜在剧场版：异次元的狙击者中被赤井秀一完爆，琴酒的狙击能力疑似也比他们强，现在杀手这行不好混啊），参加过多次暗杀行动。其中基安蒂的性格急躁，因为贝尔摩多对卡尔瓦多斯见死不救，所以很痛恨她，而科恩则是性格冷酷，沉默寡言，真不知道这两个人怎么成为搭档的。
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